Szkołę w Kostrzu założono w 1898 roku. Do roku 1912 mieściła się ona w budynku wynajętym w domu Jana Jedynaka. Nauka odbywała się w jednej sali, były 4 klasy. Pierwszym nauczycielem w szkole był Wincenty Miś, na naukę religii przyjeżdżał ksiądz proboszcz z Tyńca. Nauka była bezpłatna, a szkołę utrzymywała gmina. Od roku 1912 dzieci uczyły się w nowym budynku.
W roku szkolnym 1914/15 nastąpiła przerwa w nauce z powodu działań wojennych. Kierownik szkoły, Wojciech Rudnik, został powołany do wojska, a budynek szkoły pozostał bez opieki i został zdewastowany.
W latach 1938-1945 kierownik szkoły, Witold Egielt, przeprowadził gruntowny remont budynku szkolnego. Doprowadzono wodę do budynku, urządzono ogródek przed szkołą, zrobiono ogrodzenie od drogi, wybudowano nowy ustęp i komórkę na węgiel.
W roku szkolnym 1944/45 od 17 do 22 stycznia przez Kostrze przebiegała linia frontowa. W budynku szkolnym przez 4 dni kwaterowała jednostka artyleryjska. W skutek działań wojennych i zniszczenia budynku nastąpiła przerwa w nauce od 17 stycznia do 15 lutego.
Kronika wspomina uroczyste chwile wspólnych spotkań uczniów, rodziców i nauczycieli przy choince z kolędą w latach 1945 – 1950. wystawiane tez były jasełka: „Śpijże Jezuniu w polskiej kolebeczce”, „Pójdźmy wszyscy do stajenki” przygotowane przez nauczycielkę Wiktorie Stankiewicz.
Od roku szkolnego 1945/46 nauka odbywała się w pięciu klasach.
W roku szkolnym 1946/47 w drugiej połowie marca przeprowadzono wewnętrzny remont budynku. Koszt remontu pokryto z pieniędzy zebranych podczas przedstawienia szkolnego i zabawy oraz datków od mieszkańców Kostrza i Bodzowa. W drugiej połowie maja przeprowadzono zewnętrzny remont budynku, którego koszt pokryto z pieniędzy uzyskanych podczas zabawy w dniach 25 i 26 czerwca oraz z bufetu prowadzonego w Tyńcu 29 czerwca.
W połowie kwietnia 1948r. na gruncie szkolnym ustawiono barak - Dom Ludowy, który służyć miał celom kulturalno – oświatowym Kostrza. Z baraku korzystała również szkoła: urządzano tam uroczystości i przedstawienia szkolne.
Od września 1949 roku nauka w Kostrzu odbywała się w sześciu klasach. Na początku października wznowiono w szkole dożywianie dzieci. Fundusze na ten cel otrzymano z Inspektoratu Szkolnego i składek rodziców, oprócz tego otrzymywano produkty z Funduszu Międzynarodowego Pomocy Dzieciom.
W czerwcu rozpoczęto budowę ogrodzenia szkolnego, którą ukończono w grudniu. W grudniu robotnicy ogrodów miejskich zasadzili na terenie szkolnym drzewka i krzewy ozdobne.
22 stycznia 1950 roku szkoła w Kostrzu uzyskała pierwsze miejsce spośród szkół podmiejskich w konkursie czystości.
W roku szkolnym 1951/52 ilość klas uległa zmianie, gdyż klasę 6 przeniesiono, za zgodą Wydziału Oświaty w porozumieniu z Komitetem Rodzicielskim i rodzicami, do szkoły podstawowej w Pychowicach.
W 1953 roku zainstalowano światło elektryczne w szkole, jak i w całym Kostrzu. 20 lipca 1953 roku, dzięki staraniom kierownika szkoły, Józefa Głuszczaka, zainstalowany został w szkole telefon.
15.IX.1954 roku powstała w szkole organizacja harcerska im Curie – Skłodowskiej. W czasie wakacji 1955 roku naprawiono gruntownie dach na szkole, kominy i rynny.
W latach 50. szkoła w Kostrzu rozwijała kulturę fizyczna i turystykę poprzez organizację wycieczek i zawodów sportowych.
W miejsce starego i niefunkcjonalnego budynku szkolnego, w roku 1962, wybudowano nową szkołę „Tysiąclatkę”. Szkoła posiada: 6 sal lekcyjnych, pracownie: fizyko – chemiczną, prac ręcznych, świetlicę, pomieszczenia do kuchni i salę gimnastyczną. W pamięci wychowanków pozostaje nazwisko kierownika szkoły – pani Aleksandry Głuszczakowej.
W roku 1971 na stanowisko dyrektora szkoły powołano Mieczysława Lutego. W tym czasie uczniowie wraz z nauczycielami wykonywali wiele prac społecznych dla środowiska lokalnego. Na terenie szkoły powstała działka, na której zasadzono kwiaty, warzywa i rośliny potrzebne do obserwacji na lekcjach biologii i przyrody. Historię szkoły zaczynają tworzyć nauczyciele: śp. Zofia Giża, pani Sabina Dymek, Barbara Dackow, Elżbieta Stec i pan Józef Hejnold.
Od roku szkolnego 1972/73 w szkole działają różne koła zainteresowań. Największą popularnością cieszą się: koło geografów i koło matematyczne. Na terenie szkoły działały też organizacje młodzieżowe: PCK, SKO, TPPR.
W roku szkolnym 1975/76 z inicjatywy dyrektora szkoły otwarto w szkole filię Ogniska Muzycznego z Podgórza. Nauka gry obejmowała instrumenty: fortepian, akordeon i gitarę.
Pod koniec roku szkolnego 1978/79 na terenie szkoły rozpoczęła działalność organizacja ZHP. Szczep nosił nazwę „Wiślanie”.
Pan Józef Hejnold – nauczyciel matematyki i fizyki w 1990 roku zostaje dyrektorem szkoły. Planuje jej rozbudowę. Dzięki wytrwałości, determinacji i wielkiemu zaangażowaniu doprowadza do generalnego remontu. Przekonuje i pozyskuje ludzi otwartych, rozumiejących potrzebę stworzenia w środowisku nowoczesnej szkoły: panią Almę Knecht, pana Andrzeja Palczewskiego, Waldemara Siejkowskiego, Przedstawiciela Kuratorium – Antoniego Grochala.
Powstaje nowy budynek oddany do użytku w 2000 roku. Są w nim estetyczne sale lekcyjne, sala gimnastyczna, pracownia komputerowa z Internetem, świetlica i biblioteka.
W latach 90. szkoła jest inspiratorem działań i uczestnikiem wielu inicjatyw. Przeszłość historyczna osiedla zobowiązuje do poznawania tradycji historyczno – kulturalnych regionu. Położenie Bielańsko – Tynieckiego Parku Krajobrazowego sprzyja rozwojowi świadomości ekologicznej. Młodzież uczestniczy i odnosi sukcesy w konkursach pozaszkolnych: EKO i MY (który stał się konkursem interdyscyplinarnym) i Renesans w Krakowie.
Działaniom tym patronuje i przewodniczy pani dyrektor Renata Nowak. Podjęła ona współpracę z okolicznymi szkołami i zaproponowała nazwę Szkół Tynieckiego Szlaku. Pani dyrektor inspiruje i podejmuje wraz z uczącymi nowe wyzwania mające na celu wszechstronny rozwój wychowanków. W roku szkolnym 2003/2004 nasza szkoła uzyskała zaszczytny tytuł „Szkoły z klasą”.